故事发生在二十一世纪初始，日本依旧笼罩在德川幕府的统治之下，柳生宗朗（平川大辅 配音）家中世代经营道场，宗朗本人则肩负着成为下任当家的沉重责任。尽管身为德川家康的臣子，但宗朗对幕府的独裁以及武应学园塾对于反抗学生的暴力镇压感到十分不满。他的不满招致了飞来横祸，不仅道场面临关门大吉的命运，宗朗更是遭到了学生会派出的精锐部队的追杀。　　就在命悬一线之时，一位名为柳生十兵卫（悠木碧 配音）的红发少女突然从天而降击退了敌方，之后，柳生义仙（水原薰 配音）、真田幸村（钉宫理惠 配音）、后藤又兵卫（小林优 配音）等一干武江少女接二连三的出现在了宗朗的身边。

一朵金兰花，一朵玉兰花——蕴含着武林的一个重大秘密，武林中人为争夺此花而各情鬼胎、大打出手。而神秘的人兰花先生为阻止众人争夺此花，以午夜兰花之名滥杀无辜，每杀一人，就在尸体旁留下一朵兰花……楚留香等人为查出个中真相，抽丝剥茧追寻幕后之人，陷入前所未有的险境......